Em 18 de julho de 1906, organiza-se na localidade denominada vargem do Motta, com 47 membros fundadores, a Primeira Igreja Batista de Pádua, por iniciativa da Igreja Batista em Aperibé. Foi seu primeiro pastor o Dr. Daniel F. Crosland.
Em dezembro de 1906 seus membros deliberaram transferir sua sede para a cidade de Pádua e, em 27 de maio de 1907, instala-se em prédio alugado situado na Rua dos Leites, esquina com a Praça Visconde Figueira. Em 18 de junho de 1918, é lançada a pedra fundamental do templo, sendo o mesmo inaugurado em 29 de abril de 1922 no pastorado do Pr. Alberto Lessa.
Na década de 60, no pastorado do Pr. Arides Martins da Rocha, que tomou posse em 09 de janeiro de 1965, foi construído o grande Edifício de Educação Religiosa, cujo salão de conferências, no ano de 2004, foi consagrado como novo templo da igreja.
Por esta igreja passaram 18 pastores. Destes, o que mais tempo permaneceu foi o saudoso Pr. Samuel Leite Fonseca, pelo período de 24 anos.
Atualmente, a igreja é conduzida pelo Pr. Márcio Antunes Vieira, que aqui está desde 07 de março de 1998. Ao longo desses anos, a igreja tem se mantido fiel à sublime tarefa de evangelizar, irradiando-se por esse município organizando igrejas e congregações.
Em 18 de julho de 2022, comemoram-se 116 anos de organização dessa operosa igreja, quando se destaca também um pleito de gratidão a todos que fizeram parte desta história. Neste novo século de atividade, queira o Senhor que as vitórias do passado, as alegrias do presente e os desafios do futuro a impulsionem a maiores realizações.